Ngày 1 tháng 6 năm 1968, Bộ tư lệnh trung ương của Đảng Cộng sản Malaya ban hành một chỉ thị mang tên "Giương cao hồng kỳ vĩ đại đấu tranh vũ trang, dũng cảm tiến lên."[25] Đảng Cộng sản Malaya sẵn sàng bắt đầu một cuộc nổi dậy mới tại Malaysia. Ngày 17 tháng 6 năm 1968, nhằm đánh dấu kỷ niệm 20 năm đấu tranh vũ trang chống chính phủ của họ, Đảng Cộng sản Malaya phát động một cuộc phục kích chống lại lực lượng an ninh tại khu vực Kroh–Betong tại miền bắc của Malaysia bán đảo. Họ giành được đại thắng, tiêu diệt 17 thành viên lực lượng an ninh, và sự kiện này đánh dấu khởi đầu cuộc nổi dậy vũ trang lần thứ nhì của Đảng Cộng sản Malaysia.[26] Trong giai đoạn đầu, Đảng Cộng sản Malaya giành được một số lượng đáng kể thắng lợi. Những hành động của họ trong giai đoạn này táo bạo hơn và quyết liệt hơn, gây thiệt hại đáng kể cho lực lượng an ninh. Những thành công này là do sự chuẩn bị và huấn luyện mà Đảng này có được trong giai đoạn yên tĩnh sau khi kết thúc tình trạng khẩn cấp lần thứ nhất.[25]

Theo Trần Bình, hàng ngũ của Đảng Cộng sản Malaya tăng lên đến khoảng 1.000 trong giai đoạn 1967–68. Sau những bạo loạn sắc tộc trong Sự kiện 13 tháng 5, các hoạt động cộng sản ngầm tại các thị trấn và khu vực nông thôn phát động một chiến dịch truyền miệng với mục tiêu là những thanh niên người Hoa bất mãn với những chính sách thiên vị người Mã Lai của chính phủ Liên Minh, đặc biệt là chính sách Kinh tế Mới. Đến giai đoạn này, số lượng thành viên của Quân Giải phóng Dân tộc Malaysia tăng lên đến 1.600 với khoảng một nửa trong số đó có nguồn gốc từ bán đảo Malaysia và phần còn lại đến từ miền nam Thái Lan.[15][27] Trong khi thừa nhận sự hiện diện của căng thẳng sắc tộc mãnh liệt trong xã hội Malaysia, Giáo sư lịch sử Tạ Văn Khánh (Cheah Boon Kheng) cho rằng nổi dậy cộng sản không phát triển thành một xung đột chủng tộc do chính phủ và công chúng lo lắng trước cuộc nổi dậy.[28] Họ học được từ quá khứ rằng họ không thể dựa thêm nữa vào tình cảm từ người nghèo hoặc dân làng để đáp ứng nhu cầu thực phẩm và hậu cần cho mình.[29]

Nhằm hỗ trợ cho cuộc nổi dậy hồi sinh của Đảng Cộng sản Malaya, một đài phát thanh bí mật mang tên Suara Revolusi Rakyat (Tiếng nói cách mạng nhân dân) được thiết lập vào năm 1969 nhằm phục vụ cho lực lượng cộng sản nòng cốt trên khắp bán đảo Malaysia và Singapore. Suara Revolusi được đặt tại tỉnh Hồ Nam[16] Do Trung Quốc thời Mao Trạch Đông vẫn ngầm hỗ trợ những phong trào du kích theo chủ nghĩa Mao tại Đông Nam Á, trong đó có Đảng Cộng sản Malaya, đài phát thanh truyền đi những tin tuyên truyền chủ nghĩa Mao, ủng hộ Trung Hoa cộng sản và Đảng Cộng sản Malaya.[12][15] Chương trình của Suara được phát qua khu vực bằng một máy phát 20-KW và nó phát bằng ba ngôn ngữ: Trung, Mã Lai, và Tamil. Đài có thêm chương trình phát sóng bằng tiếng Anh sau khi Đảng Cộng sản Malaya thành công trong việc tuyển mộ một số sinh viên từ Singapore và Malaysia. Trong khi Chi nhánh Đặc biệt Malaysia và Cục An ninh nội bộ Singapore nhìn nhận những sinh viên này là cộng sản, thì Trần Bình và những lãnh đạo khác của Đảng Cộng sản Malaya cho rằng hầu hết những sinh viên tuyển mộ được này chỉ là những cảm tình viên tả khuynh.[16]

Năm 1969, chính phủ Malaysia phản ứng bằng cách thiết lập lực lượng đặc biệt: VAT 69 theo mô hình của Cục không trung đặc chủng (SAS) của Anh Quốc. Hầu hết những tân binh đến từ Lực lượng cảnh sát dã chiến Malaysia (PFF), được SAS huấn luyện tại Ipoh vào năm 1969. Sau khi đội SAS Anh Quốc rời đi, một đơn vị Cục không trung đặc chủng New Zealand (NZSAS) đảm nhiệm chương trình huấn luyện.[30] Theo một báo cáo của Cục Tình báo Trung ương được công bố vào tháng 4 năm 1976, Trung Quốc hạn chế sự tham dự của họ trong Chiến tranh nổi dậy cộng sản trong việc phát thanh Suara Revolusi. Chính phủ Trung Quốc không trở thành bên tham dự cụ thể trong xung đột này, và sau đó thiết lập quan hệ ngoại giao với Malaysia vào tháng 6 năm 1974. Liên Xô và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cũng không tham dự Nổi dậy Malaysia.[15]